明万历二十一年(1593年),辉发参加了由叶赫发起的九部联军,往攻苏子河上游一带建州女真部的努尔哈赤,大败而归。
明万历三十五年(1607年)九月,努尔哈赤率军亲攻辉发部,杀酋长拜音达里父子,灭其国,海龙归属建州女真努尔哈赤部。
明万历四十四年(1616年),努尔哈赤已相继攻灭了哈达、辉发、乌拉和长白山诸部,势力大振,遂于赫图阿拉(今辽宁省新宾老城)即大汗位,建立“后金”及至明天启七年即清天聪元年(1627年)皇太极在沈阳即大汗位时,女真各部已全部统一,蒙古诸部也率相归附,遂于清崇德元年(1636年)改国号为“大清”,改女真为满族,并编置八旗,开始向关内进攻。
自努尔哈赤先后剿灭扈伦四部后,为巩固后方, 不影响前方战事,即尽夺其地域并封禁,设置围场协领管理。清朝定鼎中原后,于康熙十六年(1677年)颁发上谕,将包括海龙在内的广大区域,封禁为皇家围场。康熙二十年(1681年),更下令修筑东起威远堡(今开原市东),西至法特哈(今舒兰县法特镇),全长近350公里的“柳条边”与清初修筑的从凤凰城至山海关的“老边”连接起来, 把今吉林省南部、辽宁东部,直至长白、图们江以北的广大地区全部封禁起来,作为皇室的参山、猎场。
当时,海龙、东丰,西丰一带称为“鲜围场”,盘查设防极严。如此一片土地就这样荒芜了近200年。此后,山东、河北、辽宁一带的农民为生活所迫,也偶为冒险偷入的,多被擒杀。至光绪三年(1877年),盛京将军曾祺以“群围场地多被流民私艮”为中秦请皇帝开禁。光绪四年(1878牛)派马有利米海龙设荒务局,寸放鲜围场荒地。光绪五年(1879年)于海龙城设置围场总管衙门,置总管1人,辖左领2人,左翼协领驻朝阳镇,石翼协领驻山城镇。同年,由盛京将军歧元泰请,添设海龙通判。
光绪六年七月四日(1880年8月19日)批准划山城镇子等20围设海龙抚民厅。置抚民通判,通判衙门与围场总管衙门同城(海龙之辽、金故城),首任通判杨文圃。海龙厅下设36社,辖120村,梅河口为海义社,是仅有10余户的小渔村。
光绪二十六年(1900年秋),海龙爆发了义和团运动,他们焚烧教堂、查抄教会。义和团失败后,刘永和 王和达等人率领着抗俄忠义军继续活动。1905年日俄战争后,抗俄忠义军被镇压。光绪二十八年七月一日(1902年8月4日),海龙厅升为海龙府,添设东平(今东丰)、西丰、西安(今辽源)3县,并划柳河县为海龙府管辖。隶属盛京将军。